达·芬奇是个绘画天才，但他也是一位非常惹眼的同性恋者。而最能证明他是一位同性恋者是发生在1476年的“萨尔塔雷利事件”

　　1476年4月初，有人将一封匿名举报信投进专门用来检举坏人的容器中。信的全文如下： 　　致执政团的领导：我特此作证有个叫雅科博·萨尔塔雷利的人与哥哥乔瓦尼·萨尔塔雷利一起住在瓦凯雷奇亚大街的金匠店，这家店正好对着这个“桶”。雅科博穿着一身黑衣，17岁上下。就是这个雅科博参与了多起猥亵的勾当，只要有人要他进行这种邪恶的事情，他都答应满足他们的需要。这件事他干过多次，换句话说，他为很多人都提供过这种服务，那些人的底细我心里很清楚，现在我列出部分人的名字。这些人鸡奸过上述那个雅科博。我向天发誓句句属实。
　　告密者随后列出了四位所谓的雅科博的同伴或客户的名字。他们是：
　　·巴尔托洛梅奥·迪·帕斯奎诺，金匠，家住瓦凯雷奇亚大街。
　　·列奥纳多·迪·塞尔·皮耶罗·达·芬奇，与安德烈亚·德尔·韦罗基奥住在一起。
　　·巴奇诺，紧身上衣制造商，家住奥尔桑米开莱教堂附近，住的街上有两家大型剪羊毛的店铺，街的一头是谢尔奇家的凉廊。巴奇诺新开了一家紧身上衣店。
　　·列奥纳多·托纳博尼，又名“特里”，一袭黑衣——摘自〈达·芬奇传〉
这封信的一份被公证过的副本保存下来，文件在1896年第一次被公开。虽然之前很多人都知道达·芬奇被控告过，但是罪名却不知道是什么。通过这封文件，很显然，达·芬奇处在了当时所谓的“鸡奸”者的行列。尽管他曾辩称那位男子只是他的模特，最后也被无罪释放，不过那多半是因为同时被控告的一名嫌疑犯的家庭背景十分强大。所以，可以说是权势拯救了达·芬奇。但也有人认为，就算达·芬奇是一位同性恋者，他与那位男子的关系或许真的只是画家与模特的关系。
列奥纳多一处带有神秘意味的笔记增加了雅科博充当列奥纳多的模特的可能性。这处笔记出现在《大西洋抄本》的一页纸上，后来被他删掉。那页纸应该是写于1505年前后，他这样写道：“我画小基督的时候，你们将我打入监牢；如果现在我画出他的成年像，你们还会变本加厉地惩罚我。”这句话有些晦涩难懂，有可能那张小基督的画像是以雅科博为模特，这件事触犯了教会当局，因为雅科博被斥为同性恋者，类似的问题也出现在描绘“成年”基督的画像或雕塑上——摘自《达·芬奇传》
能证明达·芬奇有同性恋倾向的并不只这个事件。据说，他与一位门生就维持了这样的关系。那个男孩的绰号名叫“萨莱”，意为“恶魔”“小魔鬼”。在达·芬奇的笔下，他被描述成“小偷、说谎者、倔强、贪婪”。不过，人们却能读出一种又爱又恨的感情。
对列奥纳多来说，这个顽童是颗粗糙的钻石，似乎满足了他的某种需要。这个所谓的“萨莱诺”是列奥纳多的“小魔鬼”，一个无法无天的精灵。他几乎就是列奥纳多的投影：列奥纳多性格中的这一面——任性、懒惰、爱作弄人——在顽皮的小贾科莫身上得到了体现。而他因此而解脱出去，投入到更为严谨的工作、研究和实验中去。换言之，小坏蛋贾科莫是列奥纳多那个没有表现出来的自我。
列奥纳多从此开始了他成人生活中最为长久的一段人际关系。萨莱此后一直出现在他的小圈子里，时间长达28年。然而，我们并不清楚他们最后一次见面是在什么时候。1519年列奥纳多去世时，萨莱并不在他身边。两人最后可能是因为分手而离开对方。即便如此，列奥纳多临终时仍留给他一大笔遗产。——摘自《达芬奇传》
在他的所有作品里面，每次画的男子的性器官都十分突出，而女子很少画到下半身，就算画到女子性器官也是十分模糊的。他与女人发生的性关系十分少，或者说他厌恶与女人发生那样的关系。弗洛伊德在《达·芬奇画传》里面通过研究达·芬奇的心理而把结论归结为他对母亲的依恋，也就是恋母情结。他对母亲的爱受到了压抑，心理出现了失衡，弗洛伊德据此认为达·芬奇后来的同性恋倾向和他童年对母亲的依恋有着直接的关系。而他对那个男孩的爱，或许就看到了童年的自己，
我们又一次从中发现了某种心理认同：当列奥纳多看着萨莱的面容时，他有意无意中看到了童年时的自己。萨莱的母亲也叫“卡泰丽娜”，这又进一步加深他的这种心理认同。——摘自《达芬奇传》
达·芬奇的一生都是神秘的。他的作品，他的思想，他的生活，他的感情总是扑朔迷离。他曾经对于自己的身世这样说过，“攻击性的而非情愿的性交生出的孩子急躁易怒，不可信赖，但是如果是双方因爱和欲望而进行性交，那么生出的孩子将会才华出众、聪明敏锐、活泼可爱。”或者，可以这样说，他信仰“爱情”。
　　佛洛依德也认为达·芬奇是同性恋，因为他的论文里提到，达·芬奇笔记里的一个梦境以及他后期生活的一些古怪特点都可以证明这一点。